アメリカ軍機密の航空機のテストを古くから行っていたとされ、近年では、特にステルス機の試験飛行を行っていると考えられている。また、「墜落したUFOが運び込まれているのではないか」、「ロズウェル事件と関係しているのではないか」さらに、「グレイと呼ばれる宇宙人が居るのではないか」とも疑われていたが、軍事機密解除を受け、元職員が録音下で証言を行い否定されている。

いずれにしても、何らかの機密事項が基地内に存在することから、基地の敷地周辺の立ち入りはもちろん、撮影も一切禁止されており、これを無視して進み憲兵や衛兵に見つかった場合は不法侵入者として逮捕され、処罰の対象となる。特に不審な場合は警告無しに発砲される場合もある。周辺空域も飛行禁止空域となっており、近くの空域を利用するレッドフラッグ演習では参加機がごく僅かでもエリア51の空域に侵入してしまうとすぐに帰投が命じられ、ペナルティとして翌日の作戦に参加させられなくなることもある。